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Equipo profesional con doctores e investigadores contrastados al frente.
No más opacidad. La información y los procesos, claros y entendibles.
Nos adaptamos exactamente a lo que necesite el proyecto RNA Seq. Hablemos.
Este tipo de estudios cuestan menos y valen mucho más de lo que se suele pensar.
En Helix Bios analizamos la información obtenida mediante la secuenciación de RNA (RNA seq) para esclarecer los estados o procesos presentes en una célula, tejido, organismo o comunidad microbiana.
Estudiamos y analizamos la expresión de genes y transcritos basados en RNA mensajero y otros tipos (circRNA, miRNA…)
Pregúntenos lo que necesite saber acerca de este servicio. ¡Hablemos!
En Helix Bios analizamos la información obtenida mediante la secuenciación de RNA (RNA-seq) para esclarecer los estados o procesos presentes en una célula, tejido, organismo o comunidad microbiana.
Estudiamos y analizamos desde la expresión de genes y transcritos basados en RNA mensajero (mRNA), y otros tipos de RNA presentes como el Ribosomal, RNA circulares (circRNA) o microRNA (miRNA), entre otros.
Pregúntenos lo que necesite saber acerca de este servicio. ¡Hablemos!
1. Grupos de investigación clínica que quieran estudiar los patrones de expresión entre pacientes y gente sana.
2. Grupos de investigación farmacológica que ver las diferencias en la expresión de determinados genes en respuesta a un tratamiento o fármaco.
3. Estudios clínicos en los que se sospeche el cambio en la expresión de determinados genes como causa de los síntomas o respuesta de un paciente.
4. Diagnóstico clínico en el que una expresión diferente puede ser la causa del problema.
Con ellos, ya trabajamos para crear un mundo mejor
Centrados en los mRNA, o RNA mensajero, evaluamos los niveles de expresión de los genes o transcritos que están presentes en las muestras. Enfrentando las lecturas contra una referencia podemos anotar los biotipos de los transcritos presentes (codificantes, no codificantes…) y obtener la información de expresión de estos. Además, también se pueden estudiar las isoformas no convencionales, provenientes de splicing alternativo.
Estudiamos y anotamos las fusiones que se encuentran en dos segmentos del genoma (que normalmente están separados) localizándolos y analizando a qué genes afecta, etc.
La función de los miRNA es muy importante para la regulación de la expresión ya que algunos pueden activar la transcripción de genes y otros, silenciarlos. En Helix Bios determinamos qué miRNA están presentes en las muestras, la presencia de algunas variantes nuevas de éstos y sus valores de expresión.
Algunos mRNA pueden circularizarsce cambiando sus niveles de expresión, lo que puede explicar ciertas pautas o atributos en los proyectos. Analizamos los circRNA, obteniendo la expresión de éstos y sus contrapartidas lineales para presentar toda la información posible.
Del mismo modo que se buscan mutaciones puntuales o SNPs en el genoma, también se pueden buscar en el transcriptoma. Realizamos un análisis profundo, filtrando las variantes por su importancia y usando bases de datos de prestigio para anotar su efecto, función, gen, etc. Además, determinamos si son variantes que vienen del genoma o se han producido de manera post-transcripcional.
El ensamblaje de novo del transcriptoma es el método de ensamblaje de la secuencia de novo para crear un transcriptoma sin la ayuda de un genoma de referencia. Reconstruimos el transcriptoma con los transcritos presentes en la muestra y midiendo sus niveles de expresión. Los anotamos y comparamos con diferentes bases de datos para poder encontrar aquellos genes/transcritos que sean de interés para el proyecto.
Para conseguir datos fiables, en Helix Bios trabajamos con la mayor precisión, concentración y planificación posible.
- Objetivo
- Número y tipo de muestras
- Tipo de RNA a estudiar
- Definición de variables
Kits de extracción especializados según tipo de muestra
Tecnología illumina Paired-End adaptada a molécula y necesidades
- Solo el RNA mensajero (mRNA).
- Todo el RNA presente (totalRNA).
- Un tipo concreto de RNA (microRNA, miRNA, etc.)
Para Genoma de referencia:
1. Alineamiento frente al genoma de referencia.
2. Cálculo y obtención de las métricas de expresión de los genes o de los tipos de RNA que se necesiten.
Para estudios de ensamblado de novo del transcriptoma:
1. Reconstrucción del transcriptoma, anotación y análisis de los valores expresión.
1. RNA-seq: Análisis de expresión diferencial de genes y transcritos o cualquier otra molécula de RNA relevante.
2. Análisis de las formas y expresión de los RNA circulares (circRNA).
3. Análisis de las formas y expresión de los miRNA (formas inmaduras y maduras).
¿Necesita más información? ¿Le gustaría tener un presupuesto?
Hablemos de forma cercana y transparente para abordar sus proyectos.
