1. DISEÑO DEL PROYECTO ⇒
Diseño experimental
Número de muestras
Tipo de muestras
Definición de variables
2. MUESTREO ⇒
Plan de muestreo
Tomas de muestras
Almacenamiento y transporte

3. EXTRACIÓN DE ADN ⇒
Kits de extracción especializados
Calidad del ADN
4. SECUENCIACIÓN NGS ⇒
Barcoding librerías y amplificación
Plataformas
Paired-end, cobertura y núm. lecturas

5. BIOINFORMÁTICA ⇒
Calidad y preprocesamiento
Cluesterización de OTUs
Predicción taxonómica
6. BIOESTADÍSTICA ⇒
Biodiversidad: a y β
Composición microbiana
Análisis Multivariantes

Integración de la información
Mejora la gestión
Identificación de bacterias, hongos, levaduras y eucariotas: abundancia y taxonomía
Secuenciación dirigida (amplicones)


Secuenciación shotgun (total)

Identificación taxonómica de procariotas y eucariotas, búsqueda y análisis de genes de interés, análisis de pathways

ALFA DIVERSIDAD

BETA DIVERSIDAD

COMPOSICIÓN MICROBIANA

COMUNIDAD MICROBIANA COMÚN

Análisis de Redes (Network Analysis)

CONOCIMIENTO
Modelos estadísticos que describen explican las interacciones que existen entre ellos y predicen el comportamiento con vista al futuro.
Se trata de una metodología versátil y adaptable cuyo objetivo, es conocer qué comunidades microbianas están gobernando el proceso biotecnológico, como por ejemplo ocurre en los procesos mineros de la biolixiviación y la biorremediación, y en última instancia, mejorar dichos procesos haciéndolos más rentables y/o eficientes al conocer con mayor precisión los microorganismos implicados.
ENTORNOS MINEROS
PROCESOS INDUSTRIALES
AGRICULTURA
En todos los casos se recogerían las muestras teniendo en cuenta su correcto almacenamiento y preservación hasta llegar al laboratorio, donde se procesarían las muestras y en función de la naturaleza de estas, se elegirían los kits de extracción de ADN más adecuados. Del mismo modo, en la fase de secuenciación se tendría en cuenta, el diseño de primers y librerías, la profundidad de las lecturas, la calidad de la secuenciación y el diseño experimental del estudio.
En cuanto al procesamiento de las muestras de manera bioinformática y bioestadística son técnicas robustas y validadas por la comunidad científica, lo que aporta confianza al estudio, y en todos estos escenarios se procedería a analizar la información siguiendo un plan de actuación.
DISEÑO DEL PROYECTO >
MUESTREO
LABORATORIO
ANÁLISIS
CONOCIMIENTO
La metagenómica, como tecnología ómica de alto rendimiento, está acelerando el progreso en la comprensión de la diversidad de la vida microbiana y su comportamiento respecto a su entorno. La metagenómica, directamente a partir de una muestra ambiental, nos permite el estudio de todos los microorganismos que hay en ella. Por tanto, la importancia de esta técnica radica en que nos permite descifrar la diversidad microbiana y las actividades metabólicas de varios microorganismos en dichas condiciones ambientales revelando las estrategias bioquímicas utilizadas por estos microorganismos para sobrevivir en condiciones poco favorables, sino extremas.
En el contexto de la biotecnología minera, dos casos representativos de éxito son los procesos biolixiviación y la biorremediación que se han beneficiado de esta técnica. La biolixiviación ha mostrado ser 30-50% más eficiente que las tecnologías convencionales y más ecológica, ya que requiere 6 veces menos agua y 3 veces menos energía. La aplicación de sistemas de biorremediación basados en microorganismos ha permitido recuperar ambientalmente entornos muy contaminados por años de explotación, aportando una solución a una de las principales razones de conflictos sociales en el sector de la minería. Una mejor comprensión del "microbioma" mineral y sus mecanismos de mineralización y solubilización podría ayudar en la exploración, producción y reciclaje final de los recursos mineros y subproductos como las aguas ácidas.
Los avances en la tecnología de secuenciación de ADN brindan oportunidades sin precedentes para obtener información sobre los genomas de los microorganismos. Por tanto, hoy por hoy, la metagenónica es una herramienta insustituible para la correcta comprensión de la información ambiental aplicada en las áreas de biotecnología minera industrial, agroalimentaria y ciencias de la vida.