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Análisis de RNA-seq

El RNA-seq es un tipo especial de secuenciación cuyo objetivo es ver los patrones de expresión de los genes. En vez de leerse y secuenciarse todo el genoma u exoma, se centra en secuenciar el RNA mensajero (mRNA), que se traducirá a una secuencia de aminoácidos y dará como producto final una proteína. En este tipo de análisis siempre se trabaja con dos grupos de muestras, unas muestras “problema” y unas “control”, con el fin de comparar los patrones de expresión entre unas y otras.

¿Qué hacemos?

1.

Alineamos los datos de la secuenciación con el genoma de referencia.

2.

Obtenemos varias métricas que indican el nivel de expresión/lecturas de cada zona y las asociamos con genes, exones, transcritos, etc. Siempre contando con unos estándares muy altos, aplicando diferentes algoritmos y estadísticos para filtrar y depurar los datos con el fin de obtener unos datos seguros y verídicos.

3.

Comparamos los valores de expresión entre los dos grupos (control y problema) con el fin de obtener todas las diferencias en los patrones de expresión entre ambos. Aquí podemos observar qué genes se encuentran más representados en un grupo que en otro (proceso llamado Upregulation) y, a la inversa, ver qué genes se encuentran menos representados en un grupo que en el otro, lo que indicaría una menor transcripción (Downregulation).

4.

Creamos un resumen a gusto del cliente con gráficas y diagramas que enseñen qué genes y transcritos presentan variaciones entre los grupos.

¿A quién le puede interesar?

1. Grupos de investigación clínica que quieran estudiar los patrones de expresión entre pacientes y gente sana.

2. Grupos de investigación farmacológica que ver las diferencias en la expresión de determinados genes en respuesta a un tratamiento o fármaco.

3. Estudios clínicos en los que se sospeche el cambio en la expresión de determinados genes como causa de los síntomas o respuesta de un paciente.

4. Diagnóstico clínico en el que una expresión diferente puede ser la causa del problema.

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